原位菌群失調指的是某一部位的微生物群落組成和數量的改變，但仍在原來的生態位中；而移位菌群失調則是微生物群落從一個生態位到另一個生態位的改變。兩者的病因和表現可有所不同，但都會影響人體健康。常見的原位菌群失調包括口腔菌群失調、腸道菌群失調等，而移位菌群失調如口腔細菌的遷移至肺部、腸道細菌的遷移至泌尿系統等也可能會導致相應的疾病。