多發性結腸息肉的形成原因可能與遺傳因素、飲食、生活習慣等多種因素有關。其中，遺傳因素可能是最主要的原因之一，與遺傳性息肉病（FAP）和非遺傳性息肉病（Gardner綜合征、Turcot綜合征等）相關。飲食習慣中過量攝入脂肪、紅肉、煙熏食品、酒精等也可能增加發生多發性結腸息肉的概率。長期便秘、缺乏運動、抽煙等生活習慣也可能增加發生風險。