飲食習慣、生活方式、藥物使用、壓力、消化道疾病、遺傳因素等。飲食習慣是影響腸道健康的最重要因素之一，不良的飲食習慣包括攝入過多的高熱量、高脂肪、高糖分、低纖維的食物，以及喜歡食用加工食品和肉類等。生活方式也很重要，不健康的生活方式包括缺乏運動、長期坐著、晚睡晚起等。藥物使用也會對腸道健康產生影響，如抗生素、解熱鎮痛藥、抗炎藥、鎮靜劑等都會對腸道菌群造成損害。壓力和精神狀態也會對腸道健康產生影響，情緒低落、焦慮、壓力大等都會影響腸道的正常功能。消化道疾病如炎癥性腸病、潰瘍病等也會影響腸道健康，遺傳因素也可能導致腸道疾病的發生。