正常人腸道數量最多的細菌是腸道菌群中的雙歧桿菌（Bifidobacterium）和乳酸菌（Lactobacillus）。這些益生菌能夠幫助維持腸道健康，抑制有害菌的生長，促進免疫系統的正常運轉。其它常見的腸道菌群包括腸球菌（Enterococcus）、大腸桿菌（Escherichia coli）、屎腸球菌（Clostridium perfringens）等。