保藏菌種時間最長的方法包括以下幾種：

　　1. 冷凍保藏法：將菌種培養物加入一定濃度的保護劑（如甘露醇、DMSO等），然后快速冷凍至零下80攝氏度或更低的溫度，存放在液氮罐中。這種方法能夠有效地防止菌種的生物活性喪失，可以保存數年甚至更長時間。

　　2. 干燥保藏法：將菌種培養物均勻涂布于無菌的濾紙或脫脂紙上，放置于無菌的干燥器中，通過冷空氣或真空干燥的方式將菌種完全干燥。然后將干燥菌種貯存在無菌密封的容器中，存放于低濕環境下。這種方法也可以保存相當長的時間。

　　3. 凍干保藏法：將菌種先冷凍至零下80攝氏度或更低的溫度，然后在真空環境下進行凍干處理，將凍干的菌種存放在無菌密封的容器中。這種方法能夠保留菌種的生物活性和長期保存。

　　4. 長期培養法：將菌種定期轉移到新的培養基上進行繼代培養，以保持菌種的活力和新鮮度。這種方法需要定期維護，但可以確保菌種的長期存活。

　　需要根據具體情況選擇適合的保藏方法，并注意保持菌種的無菌和干燥環境，以確保菌種的最長時間保存。