菌體主要由細胞壁、細胞膜、細胞質、核以及一些細胞器組成。其中，細胞壁是細菌和真菌所特有的，由多種不同的化學物質組成，如多糖、蛋白質等。細胞膜是菌體內部與外部環境之間的關鍵界面，由脂質雙層組成。細胞質是位于細胞膜和核之間的物質，包含各種細胞器和細胞代謝所需的酶等物質。核則是菌體的遺傳信息中心，包含菌體的基因組。