不具備呼吸酶系統的細菌被稱為厭氧菌。這些細菌不能使用氧氣作為終端電子受體，而是使用其他分子，如硫酸鹽、硝酸鹽、鐵離子等。厭氧菌可以生活在缺氧或極低氧的環境中，例如在淤泥、沼澤、消化道等處。一些厭氧菌包括產氣菌、乳酸菌、某些酵母菌和厭氧細菌。