菌群多樣性是指某一生態系統中存在的各種菌類的種類與數量的豐富程度或多樣性。生態系統中的菌群多樣性對于維持生態系統的穩定性和功能非常重要，因為不同種類的菌類在分解有機物質、循環營養物質、穩定土壤結構等方面具有不同的功能和作用。菌群多樣性的喪失或減少可能會導致生態系統的紊亂和功能退化。保護和維護菌群多樣性對于生態系統的健康和可持續發展至關重要。