甲魚含有一種叫做黃酮類物質的化合物，這種化合物有一定的苦味。燉甲魚時，如果沒有去除甲魚的內臟和泥沙，也會導致燉出來的湯有些苦。燉甲魚時用的配料、火候、水質等因素也會影響湯的味道，如加入某些藥材、火候不夠或水質不好等都會讓甲魚湯變得苦澀。